Minecraft: Story Mode предлагает отправиться в популярный мир, но уже в виде сюжетного приключения. Проект является не аддоном, а отдельной игрой, где сюжет, как и в других играх Telltale Games, развивается в зависимости от принимаемых игроком решений. Сюжет Minecraft: Story Mode, как сейчас принято, поделен на пять эпизодов, составляющих первый сезон.

Главным героем Minecraft: Story Mode на протяжении всего сезона будет чувак по имени Джесси, роль которого исполнил актер Пэттон Освальт. Джесси и его друзья отправляются в святилище легендарного Ордена Камня; четырех авантюристов, в свое время уничтоживших Дракона Эндер. Но прибыв на место Джесси и его друзья обнаруживают, что творится... нечто ужасное. Апокалипсис начинается и друзьям предстоит оправится в путешествие, чтобы отыскать членов Ордена Камня и возродить свой мир из пепла.