Повествование в Pillars of Eternity 2: Deadfire продолжит сюжет оригинальной игры, а центром сюжета станет Каэд Нуа, которая раньше была всего лишь необязательным элементом игры, созданным как дополнительная цель для Kickstarter-кампании:

"Эотас... бог света и перерождения считался мертвым, но теперь он вселился в каменного титана, находившегося под вашим владением Каэд Нуа тысячелетиями. Пробравшись на поверхность, он уничтожил вашу крепость и оставил вас на грани смерти. Чтобы спасти свою душу, вы должны выследить своенравного бога и потребовать ответов - ответов, которые смогут бросить смертных и самих богов в пучину хаоса."

Интересным моментом и ожидаемой фанатами функцией, станет возможность загрузить сохранения оригинальной игры, чтобы продолжить "историю, которую вы начали как смотритель Каэд Нуа", ведь все события в Dyrwood'е повлияют на ход Deadfire. Разработчики обещают также путешествия не только по земле, но и по морю, где игроков ждут встречи с новыми культурами и окружением. Теперь неигровые персонажи (NPC) будут соблюдать свой собственный режим дня, что ведет к более динамическим квестам. Ну и естественно, стоит ждать возвращения старых напарников и компаньонов.