Сюжет игры основан на фильме «Чужой». Спустя 15 лет после событий фильма дочь Эллен Рипли Аманда работает в «Вэйланд-Ютани». Случайно она узнаёт, что чёрный ящик с борта корабля «Ностромо» был найден и в данный момент находится на списанной торговой станции «Севастополь», которая когда-то задумывалась, как процветающее сообщество и дом для сотни людей. В данный момент «Севастополь» выведена из эксплуатации и находится в строгой изоляции со всеми жителями, которые там остались. Аманда вместе с её коллегами прибывают на «Севастополь», где Аманда с ужасом обнаруживает Чужого.
Основной акцент делается именно на атмосферу первого фильма. Например, сама картинка имеет некий вид «записи из 70-ых», что на деле является видеофильтром, создающим впечатление, что изображение снято на пленку. Окружение также выполнено в стилистике фильма Ридли Скотта: начиная от самого корабля и заканчивая мелкими частями и отдельными предметами. Да и немалая часть музыки прямиком взята из оригинального фильма 1979 года. Роль музыки не предупреждать игрока о том, что произойдет, а реагировать вместе с ним на происходящее.

Одна из прописных истин Alien: Isolation гласит, что вечно прятаться невозможно. Вы – слабая девушка, поэтому ищите ресурсы и импровизируйте, стараясь выжить в этом аду. Разработчики обещают бережно перенести хрупкую и жуткую атмосферу самого первого фильма серии – и напугать тебя до смерти. В роли Аманды ты погрузишься во взрывоопансый мир: тебе угрожают отчаявшиеся паникующие местные обитатели и безжалостный Чужой. Многопользовательская составляющая в игре не реализована. Разработчики поясняют это тем, что их основная идея - выживание наедине с монстром, без какого-либо постороннего
вмешательства.